近年来在工程项目全过程中开展跟踪审计，已经作为工程审计的一种创新手段，在实践中彰显出它的优越性以及广阔的应用前景。做好跟踪审计的关键在于：
一、优化跟踪审计人员的配备
由于跟踪审计对工程项目实行了全过程的造价控制，审计的内容大大超出了传统结算审计的范围，咨询任务重，时间跨度长，协调环节多，审计质量控制难，审计风险大，没有相应的技术手段和人员素质作保障，就难以达到理想的审计效果。这就对跟踪审计人员的专业素质和综合能力提出了较高的要求。
为适应跟踪审计工作的特殊性和复杂性，作为一名跟踪审计人员，首先应当具备相关的专业素质，如有施工现场工作经验，熟悉施工作业程序，掌握工程项目投资、进度、质量控制的内容和方法。其次，在审计手段方面，要能熟炼应用计算机技术、网络技术和审计软件，从而进一步提高工作效率和把握审计质量。此外，从事跟踪审计人员也需要进行不断的知识更新，在原有知识储备的基础上，学习和掌握新的知识和方法，提升审计技能和个人素质。
二、把握跟踪审计的重点
跟踪审计的实施过程与施工过程同步进行。施工过程是动态的，并且施工往往是立体交叉式推进，即同时有若干个单位工程的多个分部分项工程在施工，而通常情况下施工过程跟踪审计又不能影响施工进展。因此，确定跟踪审计的重点,也是跟踪审计工作的重要节点。就目前的工程项目而言，应设置为跟踪审计重点主要是隐蔽工程。
比如路基基础工程。重点审计的内容包括：每一结构层是否与施工图纸一致，厚度是否达到设计要求；钢筋混凝土工程，钢筋的数量、直径是否与设计吻合；以及管道回填材料等等，在混凝土浇筑及覆土以后很难测定。
又比如防腐保温工程。我们知道，由于金属罐内壁的防腐常常利用防腐涂料喷涂的方法，为了保证喷涂质量，必须经过若干遍喷涂才允许达到要求的总厚度，每种涂料产品对每一遍的喷涂厚度都有严格的规定，并且在现行定额中，金属罐化学防腐的造价是按涂料的喷涂遍数进行计算。若施工单位不按规定的设计厚度遍数涂刷，不仅严重影响金属罐的使用寿命，同时也成为了其牟取暴利的主要途径。
此外，根据有关工程项目的特点，对于重要设备构件的吊装拼装过程也往往是跟踪审计的重点关注对象之一。由于按施工组织设计中确定的施工措施和方法产生的建安工程费用比较高，所以施工单位容易采取比较简易的施工方法。这样一来不仅会对工程质量和施工安全带来隐患，而且施工费用也会因为施工方法、措施的改变而相差甚多。
三、搞好跟踪审计的协作配合
实际工作中，由于某些工程建设参与单位片面认为，跟踪审计单位除了工程结算时有对工程造价“论理”的资格外，在跟踪过程中没有对工程实施过程各环节的确认、决定和发言权，因此就会出现参建单位（特别是利益单位）有意无意地将有关事项给“封闭”起来。对此，作为审计单位，最终会因不了解情况作出予以默认或浅层批露，从而难以实现跟踪审计的目的。
正确处理好跟踪审计与相关单位的协同关系，对于跟踪审计工作能否达到预期目标和效果其影响至关重要。对此，全部参与单位形成共识，这是做好跟踪审计配合的首要前提。只有统一了思想认识，才能自觉地支持和顺利确保跟踪审计各项工作的开展。同时监理单位、施工单位要积极配合、理解和支持审计工作。跟踪审计的作用能不能充分发挥，除了技术性因素以外，主要还取决于施工单位的态度和监理单位的配合。两者的准确定位、合理分工和协调互补，将很大程度地减少内耗，形成合力。此外，要积极发挥建设单位管理人员作用，充分调动其主动协调跟踪审计与工程监理管理等方面的关系。
四、规范跟踪审计的收费
目前在工程项目的跟踪审计上，往往需要社会中介机构的参与协审。作为中介机构而言，其取费考虑的仅是两个因素：劳动投入和审减金额，并根据基本审核费加审减额比例提成的方式计费。于是矛盾点就会集中在跟踪审计工作做得越好，过程问题解决得越多，最后竣工结(决)算时审减收费就越少。这样，在跟踪审计中对于讲求经济效益的审核单位来说，就会容易产生记录问题而不指出问题的现象，而这显然有违跟踪审计的真实意义。
因此，研究合理计取跟踪审计费用也是当前要解决的一个问题。跟踪审计的取费不能仅仅只看审减额，可考虑在工程开工前期和施工过程增设跟踪审计奖，并根据实际跟踪效果（如材料价格、隐蔽工程、工程变更、索赔等方面的咨询服务的投入和效益）予以奖励，做到客观、公平、合理地计取跟踪审计费用。