灵谷寺位于江苏省南京市钟山东麓。灵谷寺原建在钟山南麓独龙阜，即今天的明孝陵。
梁代（502-557），高僧宝志禅师圆寂后，梁武帝萧衍建塔安葬。梁天监十三年(514) 在塔前建"开善精舍"(即灵谷寺前身)，又名宝公院。北宋大中祥符年间(1008—1021) 改称太平兴国寺。明朝初年改名蒋山寺。明洪武十四年(1381)，明太祖朱元璋在独龙阜修建陵墓，将蒋山寺、志公塔及定林寺、宋熙寺、竹园寺、悟真庵等一起迁到这里，合并重建，改称为"灵谷禅寺"。重建后的灵谷寺，规模宏大。清朝咸丰至同治初年 (1853—1864)，寺院因战乱被毁坏。现在的灵谷寺为同治年间(1865—1874)重修，规模已大不如从前。 寺内现存主要建筑为万工池(放生池)、山门、大雄宝殿、藏经楼、法堂、无量殿(又称无梁殿)、松风阁、灵谷塔、宝公塔(又名志公和尚塔)、三绝碑、志公殿等。 寺内还建有唐高僧"玄奘法师纪念堂"，供奉着玄奘法师顶骨塔，是中国佛教历史文物中的稀世珍宝和佛教徒参礼的圣物。
1983年，灵谷寺被定为汉族地区全国重点寺院。