为使小学生健康心理辅导达到预期的目的，收到理想的效果，必须科学地设计辅导程序，对辅导题目、主题分析、目的要求、课前准备、操作过程，及总结和建议等各个环节进行科学、合理、有序的安排。
(一)辅导题目
题目是主题的标识，它蕴涵着一堂辅导课、一次主题班会或一项课外活动的中心、主旨及基本内容。比如“学习中的苦与乐”要学会宽容”“给自己画像”“我最崇敬的人”“我的理想不是梦” “拥抱大自然”“快乐的双休日”“愉快的假期”等活动题目，都涵盖着是什么、为什么、应该怎样做、不该怎样做及理想的活动效果等。新鲜有趣、富有吸引力的辅导题目或活动题目也有助于激发小学生积极参与的热情，增强辅导活动的导向性和实效性。
(二)主题分析
主题即辅导活动的中心，亦即活动内容的核心。主题分析要解决的主要问题是：(1)揭示辅导活动的中心、主旨，明确重点、难点或疑点；(2)阐明辅导活动的原因及相关的理论依据；(3)明确辅导活动的目的和意义。
(三)目的要求
目的要求是指活动过程所要达到的目标和结果。目的要求既是活动过程的出发点和归宿，也是活动过程和程序设计的前提依据。
辅导活动的中心、主题主要是通过目的要求来体现的，可以说没有目的就没有方向，没有动力；也就没有参与的积极性和自觉性。确定辅导活动的目的要求要注意以下几点：(1)要明确辅导活动的结果使小学生内在心理状态所发生的变化，比如小学生的认识能力、思想情感、人格品质和自我意识等方面将会发生怎样的变化；(2)明确活动过程对小学生的智能结构和人格结构的影响，比如学会什么，掌握何种技巧，提高何种能力，形成怎样的人格特点；(3)目的要明确、具体，便于操作和检查。
(四)课前准备
准备的过程也是思考的过程、设计的过程，要根据辅导活动的目的和内容，创造条件，确定活动场所，收集相关的资料和事例，设计问卷，制作挂图，准备录音带、录像带等，从而做好心理准备和物质准备。其中有些准备工作可要求学生自己做。
(五)操作过程
操作过程是指对辅导活动中的方法、步骤作出具体的安排和认真执行的过程，包括导入课题、活动与训练、活动方法，如讲授法、讨论法、角色扮演法、渗透法和课外指导法等。操作过程是程序设计的物化过程，是达成活动目的、获得理想效果的中心环节和决定因素。
(六)总结和建议
总结是指教师对辅导活动中同学发言、集体讨论的意见及活动的结果进行分析评价，得到富有指导性的结论，可概括为几点或几个方面。同时，针对存在的问题和以后的思想行为提出相应的希望和建议，以调节心态和指导行动。