但不可否认电子评标系统的推广过程中还是存在很大阻力，在电子评标系统的施行过程中也暴露出了一些问题，需要各参与方共同努力。
一、缺少简单易用的数据标准接口
电子评标软件导入电子投标文件时，要求投标人按照规定格式提供电子标书文件，目前有些地区因为各种利益关系没有公布数据标准接口，电子评标系统只能接收指定的计价软件生成的电子投标文件，其他计价软件生成的标书文件则被拒绝接收。这种人为设置投标壁垒的方式极大的增加了投标人的商业成本和学习成本。也有些地区是采用把通用的Excel格式投标文件转换为电子投标文件，但由于Excel文件转换时需要逐张表操作并且对报表格式要求比较严格，导致转换数据的工作量较大。
要使电子评标系统得到真正的推广，这就要求行业主管部门和专业的软件开发商来共同制定一个简单易用的数据标准接口，并向社会开放。数据标准接口的格式建议采用数据库形式，因为数据库形式的接口文件可以完整的包含电子评标需要的所有数据，并且可以完整的保存数据间的关联关系。由工程量清单计价软件公司配合，投标人在计价软件中就可以导出标准数据文件，不需要进行另外的数据转换工作，这样可以减少投标人的工作，提高电子标书的准确率，同时也为清标工作提供完整的数据。
二、招标人需要制定一套完整、切实可行的清标规则、评标办法 电子评标软件的功能包括两大块，辅助清标和评标。清标就是查找投标人标书中的偏差、计算错误以及投标报价不合理的项，给评委的评判提供充分的分析资料。评标就是按照评标办法计算投标单位得分。清标过程会涉及到如何处理清标的结果，比如是否判定投标单位的价格是否合理，判定的依据。只有在招标文件中制定完整、切实可行的清标规则，依靠评委的丰富经验来分析判断清标的结果，才能达到理想的清标效果。
要解决好这个问题，招标人在编制招标文件期间可以向相关部门交流和咨询，了解电子评标系统的功能和原理，借鉴已有地区成功的经验，结合电子评标软件的原理制定一个完成、切实可行的清标规则和评标办法，这样才能最大发挥电子评标系统的强大功效。
三、投标人没有真正理解电子评标的作用
由于电子评标系统的宣传推广还不够，一部分投标人所理解的电子评标系统，其主要功能就是查找投标人标书中的偏差、计算错误以及投标报价不合理的项，从这个角度他们会认为电子评标系统损害了他们的利益，因此有些投标人是持抵触态度的。有些投标人表现出的现象就是不愿意参加招标人或管理部门组织的针对电子评标的培训，不了解电子评标对自己投标过程带来的变化，没有预留充分的时间来学习和操作电子标书的制作过程，导致最后不能正确制作电子标书文件被废标。
其实好的电子评标系统不仅能查错，还能够在投标报价过程中帮助投标人回避一些可能发生的错误，例如投标人在编制投标报价时不小心修改了工程量清单的数量、不可竞争费的费率计取错误，这些问题在很多评标办法中都会判定为废标或者是做不利于投标人的判定，如果电子评标系统能够帮助投标人回避这些问题，则能提高投标报价的准确率和投标文件的有效性。例如有些地区使用的电子标书编制工具在填报投标报价时会审核投标文件是否篡改了工程量清单、是否按照规定费率计取不可竞争费。同时电子评标系统整个过程由计算机自动计算，降低了人为干预的可能性，为投标人提供了一个公平的竞争环境。
另外从电子评标系统的使用价值及行业对电子评标系统的积极态度来看，在清单计价的招投标环境下，电子评标是必然的趋势，投标人能快速适应规则的变化，就能最大程度降低规则变化带来的风险，保护自己的利益。积极的了解学习电子评标给大家投标过程带来的变化，按照要求正确制作电子标书，你可能就成为规则变化的赢家。
四、投标人编制电子标书文件时，出现问题无法得到有效的服务和帮助
投标人为了保证投标报价的保密，通常会在开标前的晚上才确定最终的投标报价。而投标人的习惯都是先确定投标报价然后打印报表、编制电子标书文件。在编制电子标书时很可能在对电子标书不熟练的情况下，碰到操作问题或者系统本身的问题，而这时候可能是在凌晨时间，能提供帮助的服务人员已经下班，这时候再去寻找服务时很难得到有效的帮助。这也是一部分投标单位在初次投标时容易出现的问题。
要解决好这个问题需要从几方面入手，一是投标人在拿到电子标书文件和电子标书编制工具后，及时检查并学习，及早发现里面可能存在的问题并和相关人员取得联系；二是主管单位或者招标人要选择成熟稳定、易用性好的电子评标系统，这样能降低投标人学习的成本，又能避免系统不稳定带来的风险；三、电子评标系统的服务商要有较强的服务能力和服务意识，投标人编制电子标书时出现问题时需要非常及时有效的服务帮助，只有服务能力和服务意识强的服务人员才能保证投标人碰到的问题得到有效的解决。
五、如何解决电子标书的合法性和纸质标书与电子标书一致性
在现阶段甲方和中标单位都是以纸质标书签订合同的，工程变更、工程款支付、工程竣工结算也是如此，即纸质标书是具有法律效力的文件。而电子评标系统清标是对电子标书文件进行审查析，说到这里大家可能会惊奇的发现如果纸质标书与电子标书不一致，那清标工作岂不是白做了吗？一些地区在处理投标人提供的纸质标书与电子标书投标报价不一致情况时，通常会以纸质标书为准，这就使电子评标工作的严肃性大大降低，所以要使电子评标系统真正推广并达到应用的效果，还必须确定电子标书的合法性，并用技术手段来保证纸质标书与电子标书一致性。
选择纸质标书作为签订合同的依据，是因为纸质标书中有法人签名和法人盖章。国家在２００４年８月２８日颁布了电子签名法，这为确立电子数据的合法性提供了一个很好的思路。但在目前阶段电子签名技术还没有成熟的情况下，可以利用招标文件条款进行约定，并利用严格的保密技术来维护投标人的利益，以此来维护电子投标文件的合法性。
而要解决纸质标书与电子标书一致性的问题，完全可以依靠现有的技术力量由软件开发商在电子评标系统中实现，如投标人选择用电子标书编制工具来打印投标报价报表，报表中带有可以唯一标识的文字信息。这种方式已经在一些地方得到应用和推广，使电子评标系统的先进性和严密性得到了很好的体现。
六、交易中心设备投入、人员配备
使用电子评标，需要在开标、评标室配备计算机、投影仪、打印机等设备，以保证电子评标的整个过程正常进行，并体现公开、公平、公正、诚实信用的原则。并且建筑市场有时会有一些工程规模大，投标单位多的项目，笔者就曾经历过81家投标单位超大项目。这种情况导致电子评标系统的运算量巨大，为了保证电子评标系统的正常运行，这就要求交易中心配备性能较好的设备。
另外当前电子评标系统的主要功能之一是辅助清标工作，如清标过程可以由评标委员会完成或委托清标小组进行，清标的操作人等同于“评标办法”中定义的“清标小组”，其行为也应经评标委员会授权后，其清标结果才能得以确认。清标的操作人员除应具备相应的计算机操作能力外还应具备评标办法所规定的清标能力或响应资质以及规定的回避条件。
上述问题需要参与电子评标环节的各参与方共同配合才能达到很好的解决，主管部门、招标人、甲方、投标人、评委都在其中扮演非常重要的角色。另外软件开发商也对电子评标系统的运用起到重要的作用，一家实力强大、专业知识丰富的专业软件开发商能为电子评标系统提供完整可行的解决方案，软件开发商的丰富经验和良好的服务意识是电子评标系统得以正常运行的保障。[