部门预算反映的是各部门及其系统内部所属单位的全部收支情况，由本部门及所属各单位的预算组成。它由政府各部门编制，财政部门审核，各级人大审议通过，具有法律效力。然而，在实际操作中，由于部门预算编制不科学、不具体、不完整，导致预算编制与预算执行脱节。
一、部门预算编制、执行中存在的主要问题
１、对部门预算编制重视不够，认识不足。部分预算单位认为上报预算仅仅是为了申请财政拨款，造成预算管理制度不健全，预算编制基础不扎实。而部分财政干部认为，实行部门预算就是要满足单位需求，现实财源财力不允许，搞部门预算只是做做样子，走走形式。
２、支出标准和预算定额缺乏科学性，部门预算编制粗放。现行部门预算，支出标准和预算定额未经详细而科学的测算，也不是根据部门和单位人员经费和公务经费的正常需要来确定，而是对过去几年部门和单位实际支出数的简单平均，这种缺乏科学测算论证而编制的部门预算，与实际存在较大差距。
３、全部收入列入部门预算有难度。部门预算的编制原则，要求将部门和单位的各项收入及支出都纳入综合财政预算。在实际中，部门和单位因向上级争取的项目资金、政策性增支及重大决策支出影响，年初部门预算编制时难以充分考虑，制约了部门预算执行的刚性。
４、资金渠道和支付方式的多元化，使部门容易突破预算。从部门预算资金来源渠道看，既有本部门和单位组织的预算内外收入（含规费收入、罚没收入、附属单位缴款等），又有上级部门的返还收入和拨入资金；从资金的支付方式渠道看，既有财政直接支付的工资支出、转移支出，又有财政授权支付的零星支出和购买支出等。由于资金来源渠道和支付方式的多元化，使部门和单位容易突破预算，尤其是在实行差额预算的情况下，部门和单位通过创收，甚至挤占挪用专项资金来弥补经费不足，从而导致部门预算执行弹性增大，刚性减弱。
５、部门预算执行的考核监督机制尚未建立。目前，部门预算注重的是编制方法的可行性、编制内容的准确性，而对预算的执行尚未规定比较详细、明确的监督、约束制度，相应的配套措施显得滞后，削弱了预算执行的严肃性，弱化了部门预算的约束力，特别是项目支出的执行更需要有效的监控。
二、规范部门预算编制、执行的对策
１、坚持发展与创新相结合。编制部门预算，重在预算运行机制的创新，要不断完善零基预算等办法，科学合理地制定定额标准，既要统筹顾及各部门的主要职能、任务，又要通过准确合理的政府预算给予这些部门实现职能任务的财力保障。
２、进一步增强部门和单位预算约束意识，强化综合财政预算管理。一是预算单位在编制部门预算时要全面、如实地反映部门的收支状况，以增强预算编制的透明度；二是要加大部门预算编制的深度，完善定员定额管理。部门和单位在进一步加强经济状况分析及预测的基础上，建立预算收入经济预测模型，推行标准收入预算法；支出预算编制要完善、细化。人员经费按政策，日常公用经费按定额，项目预算应进行科学论证，视财力状况安排，并建立部门专项资金项目库，根据当年项目轻重缓急进行合理排序，实行项目滚动管理。
３、硬化预算约束，加大预算监督力度。实行部门预算后，预算一经确定就不能随意调整和追加，确实需要调整的必须按规定程序报批，要充分发挥人大监督、纪检监督、审计监督的作用，增强部门依法行政、依法理财的自觉性和责任感。要加大对《预算法》等法律 、法规执行的监督力度，强化预算约束，严肃查处违规事项。