“公允价值变动损益”是新会计准则下一个全新项目，其对上市公司的净利润与应交所得税的影响需要根据持有期间与处置期间分别确定。
根据新会计准则的有关规定，交易性金融资产的期末账面价值便是其在该时点上的公允价值，与前次账面价值之间的差异，即公允价值变动金额需要计入当期损益。现在财政部、国家税务总局在通知中明确规定在计税时，持有期间的“公允价值变动损益”不予考虑，只有在实际处置时，所取得的价款在扣除其历史成本后的差额才计入处置期间的应纳税所得额，可见交易性金融资产的计税基础仍为其历史成本。
因此，在上市公司持有交易性金融资产期间，当公允价值发生变动时，账面价值与计税基础之间便存在一种“暂时性差异”，只有在实际处置后，该差异才会转回。
以中海发展为例，其作为战略投资者持有的招商轮船股票，根据新会计准则被划分为交易性金融资产。2007年上半年，中海发展根据招商轮船股价的上涨，共确认了6040万元的“公允价值变动损益”，相应增加了其利润总额。同时中海发展还根据其15％的所得税税率，确认了906万元的所得税费用与递延所得税负债。因此招商轮船股价的上涨对中海发展2007年上半年净利润的实际影响数为5134万元。
而中海发展今后在处置所持招商轮船股票时，如果获利丰厚，由于此前已确认了递延所得税，通过转回上述“暂时性差异”，将不会造成对当期净利润的冲击，但其应交所得税的金额则需要根据出售价格与历史成本的差额全额计缴，此时投资者需要关注的是对其当期现金流量的影响。
此外值得注意的是，由于《中华人民共和国企业所得税法》将于明年1月1日起实施。上市公司在进行所得税会计处理时，如果预计有关暂时性差异将在明年转回的，应当按照新税法规定的适用税率重新进行计量。