脾主运化，为后天之本，肾主藏精，为先天之本；脾主运化水液，肾主水液。脾肾之间的关系主要表现在先天与后天相互促进及津液代谢方面。
1.先后天关系方面：肾藏精，主人体的生长发育与生殖，为先天之本；脾主运化，为气血生化之源，为后天之本。先后天之间的关系是“先天生后天，后天养先天”。脾主运化，脾的运化全赖于脾之阳气的作用，但脾阳须依赖于肾阳的温煦才能强盛。肾藏精，但肾精必须得到脾运化的水谷精微之气不断资生化育，才能充盛不衰，促进人体的生长发育与生殖。
在病理情况下，脾肾之间相互影响。
2.在水液代谢方面：人体水液代谢是一个复杂的生理过程，是多个脏腑协同作用的结果。其中尤以脾肾的作用更加重要。脾主运化水液，为水液代谢的枢纽，肾主水液，气化作用贯彻在水液代谢始终，故曰“其本在肾，其制在脾”。概括了脾肾两脏在水液代谢过程中的作用及其特点。
在病理方面，脾肾两脏功能失调，如脾肾阳虚等，均可导致水液代谢障碍，出现水肿、泄泻、小便不利等症。