为了加强对审计工作的科学管理，审计署驻深圳特派办自2006年6月起实行职能处室例会制和审计业务工作动态报告制，有效提高了审计工作效率和质量。
按照深圳办《关于实行职能处室例会制和审计业务工作动态报告制的通知》要求，他们每周一上午召开由办领导以及办公室、人教处、法制处、计算机处、服务中心等职能处室负责人参加的例会，例会上由各职能处室报告上周工作情况，包括计划执行、制度落实、交办事项完成、存在问题和困难、需要协调事项、改进工作意见和建议，并提出本周工作计划和重点；办领导点评、指导、布置工作，并研究讨论相关工作。每月第一次例会时，各职能处室须报告上月工作计划执行和交办事项落实情况，以及当月工作计划和重点工作事项，例会内容形成书面材料在办内网上公布。规定还明确，各业务处室于每月16日及次月1日，以审计项目为单位，报告审计项目进展情况、最新动态、主要审计成果，并按统一格式报送工作动态报告和审计项目计划执行情况表，报告内容均在办内网上公布。
该制度实行一年半来，成效显著。一是强化了审计工作的科学管理。该办借助例会制和工作动态报告制这两个平台，强化了对各职能处室和业务处室工作的动态管理，并通过缩短工作计划周期、规范工作报告（汇报）内容和格式，切实加强了对审计计划以及办内各项工作的规范化管理，使各处室得以扎扎实实、步步为营地完成好全年任务。
二是促进了全面沟通、提高了工作的透明度。该制度增进了办领导与各处室之间，处室与处室之间的全面沟通与联系，有利于办领导及时全面地掌握情况，做出科学决策，同时，这种方法也提高了工作的透明度，促进了处室之间的互相理解与合作，有利于群众公开监督和评议。
三是简化了办公程序、提高了审计工作效率的质量。“例会制”采取办领导和各处室定期坐在一起沟通情况、布置工作、研究协调解决问题的方式，动态报告制采取定期通报审计工作动态的方式，简化了个别沟通、层层汇报的繁琐程序，同时也有利于群策群力，及时消化协调解决工作中存在的问题，减少了扯皮和拖延的现象，有效提高了审计工作效率和质量。